En El Colegio de México, el estudio de los distintos tipos de desigualdad es una tradición. Se han explorado las desigualdades económicas, educativas, sociales y de género; así mismo se han preparado numerosas investigaciones sobre desigualdades regionales, de capacidades gubernamentales, de organización social o culturales con perspectivas tanto históricas como contemporáneas.

La agenda de investigación de El Colegio incluye estudios sobre su origen y evolución, las interacciones entre los diversos ámbitos donde se producen, así como sobre los procesos políticos, económicos e institucionales que les dan forma.